Emil Zehnder wurde am 3. März 1945 in Ricketwil, dem zu Oberwinterthur gehörenden Weiler, geboren. Seine Mutter verstarb als Zehnder noch ein Kleinkind war. Zusammen mit seinen zwei Geschwistern wuchs er darauf gemeinsam mit zwei Halbgeschwistern in einer Bauern- und Handwerkerfamilie auf. Als Kind musste er regelmässig bei der Feldarbeit mithelfen und entdeckte dort seine Leidenschaft für die Aviatik. Immer wieder konnte er nämlich vom Feld aus verschiedene Flugzeuge Aufgrund seiner guten Schulnoten konnte er ab der 2. Sekundarklasse in die Kantonsschule im Lee und danach ins Oberseminar wechseln, um Lehrer zu werden. Seine ersten Stellen als Reallehrer hatte er in Turbenthal und in Flaach. Neben seiner Lehrtätigkeit war Emil Zehnder aber auch in manch weiteren Wirkungsfeldern ein äusserst umtriebiger Zeitgenosse. So besuchte er bereits im Alter von 17 Jahren den fliegerischen Vorunterricht mit dem Plan, die Rekrutenschule bei der Fliegertruppe zu absolvieren. Ein Jahr später absolvierte er das Privatpilotenbrevet.