Werner Hurter wurde 1932 in Winterthur geboren und wuchs in Seen auf. Er war der Sohn eines Malermeisters. 1948 begann er autodidaktisch künstlerisch zu arbeiten und absolvierte parallel dazu eine Lehre als Flachmaler. Anfang der 1950er-Jahre besuchte er Kurse an der Kunstgewerbeschule Zürich und nahm Privatunterricht, unter anderem bei Henry Wabel. Zudem unternahm er zahlreiche Studienreisen durch Europa.
Nach einer dreijährigen Anstellung in einem Architekturbüro machte sich Hurter 1954 selbständig. Als Architekt arbeitete er unter anderem für das Büro Bauordnung sowie für die Stadtbildkommission der Stadt Winterthur. 1972 gab er seine Tätigkeit als Architekt auf und entschied sich, fortan als freischaffender Künstler zu arbeiten.
1973 richtete er sich neben seinem Wohnhaus in Taa, einer Winterthurer Aussenwacht bei Iberg, ein Atelier ein, wo er bis zu seinem Tod lebte und arbeitete.