Ernst Wetter übernahm das Finanz- und Zolldepartement. Seine hauptsächliche Aufgabe bestand darin, den Bundesfinanzen eine Verfassungsgrundlage zu geben. Diese Pläne wurden aber vom Ausbruch des Zweiten Weltkrieges durchkreuzt und Wetter musste stattdessen ein Kriegsfinanzprogramm entwickeln. Es enthielt unter anderem die Einführung der Kriegsgewinn- und die Wehrsteuer und der Warenumsatzsteuer (Wust). Hinzu kam die Verpflichtung zur Entrichtung eines «einmaligen» Beitrages, des sogenannten «Wehropfers», das nach dem Einkommen berechnet wurde. Der Bundesrat nutzte seine kriegsbedingten Vollmachten für die Durchsetzung des Programms ohne Volksabstimmung.
1941 lancierte Ernst Wetter ein zweites Programm zur Kriegsfinanzierung, das mehrheitlich auf der Entrichtung eines zweiten Wehropfers basierte sowie mit einer massiven Erhöhung der Wehr- und Warenumsatzsteuern einherging. Hinzu kam die Einführung einer Luxussteuer auf Güter wie Schaumweine, Kosmetika, Filme, Teppiche, Pelze, Schmuck, Fotoapparaten, Plattenspieler und Schallplatten sowie Radios. Mithilfe von Wetters Finanzierungsprogrammen verschaffte sich der Bund während dem Krieg fast 3 Milliarden Franken. Dennoch stieg die Staatsverschuldung während dem Krieg von 1.5 auf 8.5 Milliarden Franken. Besonders die Ausgabedisziplin auf Seiten der Armee liess aus Sicht von Ernst Wetter zu wünschen übrig. Moralisch bedingte Einwände von Seiten des Finanzministers gegen die Mitfinanzierung von Rüstungsexporten sind keine belegt. Den Ankauf von teilweise geraubten oder erbeutetem Gold von der Deutschen Reichsbank durch die Schweizerische Nationalbank hiess die Landesregierung zudem einstimmig gut. Ernst Wetter gehörte zu jenen Politikern, die am Zustandekommen des sogenannten «Frontistenempfanges» am 10. September 1940 beteiligt waren, der für heftige Kritik in der Öffentlichkeit sorgte und insbesondere den damaligen Bundespräsidenten Marcel Pilet-Golaz in Misskredit brachte.
Die Finanzpolitik von Ernst Wetter führte dazu, dass die finanziellen Belastungen für die Bevölkerung sozial ausgeglichener waren als noch im Ersten Weltkrieg. Als Bundespräsident rief er 1941 die Parteien zur Zusammenarbeit auf und appellierte an seiner Ansprache anlässlich der 650-Jahr-Feier der Eidgenossenschaft auf dem Rütli an den Durchhaltewillen und die Disizplin in der Bevölkerung. Die von Ernst Wetter eingeführten Steuerinstrumente wurden nach dem Krieg zum Teil beibehalten und wurden zu einer Grundlage für den Ausbau des Wohlfahrtsstaates.
