Heinrich Ernst wurde am 12. August 1847 als Sohn eines Weinbauers in Dättlikon am Irchel geboren. Die meisten seiner Familienmitglieder arbeiteten entweder in den umliegenden Fabriken oder im kleinbäuerlichen Familienbetrieb. Heinrich Ernst fiel in der Dorfschule aufgrund seiner vielfältigen Begabungen auf und so konnte er auf Empfehlung seines Lehrers die Sekundarschule in Neftenbach besuchen. Danach absolvierte er von 1863 bis 1867 das Lehrerseminar in Küsnacht. Dort knüpfte er eine enge Bande zum damaligen Direktor David Fries, der allerdings innerhalb des Seminars umstritten war.
Dank der Unterstützung seiner Eltern, konnte Heinrich Ernst auch noch das Sekundarlehrerstudium in Zürich und Lausanne absolvieren. Während seinem Welschlandaufenthalt, setzte er sich intensiv mit der englischen und französischen Sprache auseinander und übersetzte mehrere Dramen und später auch die Hauptwerke Darwins ins Englische. Ein Angebot von David Fries, seine Studien in den Fächern Psychologie, Pädagogik und Philosophie weiterzuführen um danach am Seminar in Küsnacht zu unterrichten, lehnte Ernst aus finanziellen Gründen ab. Er wollte seinem Elternhaus nicht noch weitere Schulden aufbürden.
So verzichtete er auf eine Gelehrtenlaufbahn und begann zuerst als Primarlehrer in Horgen und später dann als Sekundarlehrer in Dietikon zu unterrichten. 1871 wurde er an die Knabensekundarschule in Winterthur berufen, wo er für die nächsten 24 Jahre bleiben sollte. Dabei besetzte er verschiedene Ämter im Lehrerkapitel und der Schulsynode, welcher er zeitweise auch als Präsident vorstand. 1874 heiratete er seine frühere Schülerin Marie Luise Bumbacher, mit der er drei Kinder hatte.
Über seine Kontakte in der Lehrerschaft fand Heinrich Ernst auch bald den Zugang zur Politik und wurde Mitglied im Grütliverein. An der Politik interessierte ihm vor allem das Schicksal der einfachen Fabrikarbeiter und Bauern. Heinrich Ernst wollte dabei selbst ein gutes Vorbild sein und lebte ab den 1870er-Jahren konsequent abstinent, da Alkoholismus zu den grossen gesellschaftlichen Problemen seiner Zeit gehörte.