Ein wichtiger Teil seines Schaffens entfiel auf Kunst am Bau. Er gewann mehrere Wettbewerbe; sein letztes Werk für den öffentlichen Raum ist eine Fassadengestaltung für das Unterwerk Wülflingen (2004). Zudem realisierte er Kunstwerke für Winterthurer Schulbauten, darunter 1983 ein Hängeobjekt im Treppenhaus des Schulhauses Mühletal der Berufs- und Fortbildungsschule Winterthur. Die Installation besteht aus sechzehn transparenten Plexiglasröhre, die in unterschiedliche Höhe hängen. In ihnen sind vier gleich hohe, fabrige Zylinder in Rot, Blau, Gelb und Grün in variierender Abfolge angeordnet.
Auer war 1973 Mitbegründer der Galerie und Edition ge, die als Künstlerkollektiv gemeinsam mit Ernst Brassel, Hugo Bräm, Werner Hädrich, Werner Hurter, Werner I. Jans, Martin Schwarz und Theo Spinnler entstand. Er wurde mehrfach ausgezeichnet, unter anderem mit Kunststipendien und Förderpreisen der Stadt Winterthur, des Kunstvereins Winterthur, des Kantons Zürichs und der Eidgenossenschaft. 2007 erhielt er den Preis der Carl-Heinrich-Ernst-Kunststiftung Winterthur. Ab 1986 war Auer zudem Mitglieder der Künstlergruppe Winterthur.
Von seinen künstlerischen Weggefährten wurde er manchmal auch «Alfie» genannt. Er verstarb 2012 in Winterthur.