Hans Affeltranger widmete sich in seinem freien künstlerischen Schaffen intensiv der Malerei. Dabei beschäftigte er sich überwiegend mit Landschaften, Porträts und Stillleben. Besonders bis Anfang der 1960er-Jahre entstanden zahlreiche stilisierte Landschaften und Dorfansichten aus der Umgebung von Winterthur – insbesondere aus dem Tösstal, dem Weinland und dem Oberengadin. Charakteristisch für diese frühen Werke ist ein klar gegliederter, tektonisch gefestigter Bildaufbau sowie das bewusste Weglassen von Details zugunsten einer verdichteten Gesamtwirkung.
Neben Reiseeindrücken beschäftigte ihn auch intensiv die lokale Umgebung. Die Hinwendung zum Vertrauten und Intimen stellt ein Hauptmerkmal seiner Werke dar. Eine zentrale Rolle nahm dabei die Stillleben-Malerei ein. Hier verschrieb sich Affeltranger zunehmend der Stilisierung der Naturform, die stellenweise bis an die Grenze zur Abstraktion führte. So entstanden zahlreiche Landschaften von Töss, Winterthur, dem Tösstal und auch dem Engadin, wo er sich oft aufhielt. In der Porträtmalerei setzte er sich besonders intensiv mit seinen eigenen Kindern und ihm bekannten Personen auseinander. Eigentliche Auftragsarbeiten stellte er nur wenige her. Auch bei seinen Stillleben wandte er sich ihm vertrauten Objekten und Umgebungen zu.
Hans Affeltranger arbeitete mit unterschiedlichen Techniken und Materialien, so fertigte er u. a. Wandbilder, Glasfenster, Druckgrafiken, Fotografien, Zeichnungen und Mosaike an. Daneben schuf er auch Aquarelle, Miniaturen sowie Werke unter Verwendung von Naturstein, Glas, Eisen und Gold. Seine handwerkliche Ausbildung als Maler und Schriftenmaler bildete eine wesentliche Grundlage für diese Vielfalt. Stilistisch bekannte er sich bei seinen Ölgemälden und Landschaftsbildern zur Gegenständlichkeit. Dennoch nahm er auch Einflüsse der modernen, abstrakten Malrichtungen auf, ohne sich je vollständig vom Gegenständlichen zu lösen. Diese Einflüsse wurden ab den 1970er-Jahren insbesondere bei seinen grossformatigen Wandbildern und seiner Kunst am Bau immer wichtiger.
Hans Affeltranger fand viel Anerkennung für seine Leistungen. So gewann er in den 1940er- und frühen 1950er-Jahren mehrmals den Eidgenössischen Stipendienwettbewerb. 1959 erhielt Hans Affeltranger die Anerkennungsgabe des Kantons Zürich. 1970 gewann er den Carl Heinrich Ernst-Kunstpreis und 1986 den Kulturpreis der Stadt Winterthur. Die Preisübergabe fand im Schulhaus Rosenau in Töss statt, wo Affeltranger ein grosses Mosaik realisiert hatte. 1997 verfasste der Kunsthistoriker Martin Kraft eine Monografie über das Gesamtwerk des Künstlers.