Auf dem Areal der heutigen Villa Lindeneck errichtete Johannes Keller Junior bereits 1862 ein Wohnhaus mit einer freistehenden Stallscheune. Als 1882 der nahegelegene Verkehrsknoten Haldenstrasse/Lindenstrassen neu organisiert und neue Bahngleise für die Nordostbahngesellschaft verlegt wurden, liess der damalige Eigentümer Johann Jakob Strasser die beiden Gebäude abtragen.
1895 erwarb Fritz Schoellhorn, der Inhaber der nahegelegenen Brauerei Haldengut, das dreieckige Grundstück. Er lebte zuvor mit seiner Frau und seinen drei Söhnen im Geschäftshaus der Brauerei. Für die rasch wachsende Familie blieb bald kein Platz mehr, und so beauftragte er die Winterthurer Architekten Ernst Jung und Otto Bridler mit dem Bau einer repräsentativen Villa – der Villa Lindeneck. Diese befand sich auf einer Linie zur bereits bestehenden Villa des Vaters Johann Georg Schoellhorn, die einige Jahre zuvor ebenfalls von den beiden Architekten realisiert wurde. Fritz Schoellhorn und Otto Bridler kannten sich vom Militärdienst und waren auch gute Kameraden.
Die zweigeschossige Villa aus rotem Sichtbackstein hat einen asymmetrischen Grundriss. Sie verfügt neben einem Erker auch über einen dreigeschossigen, achteckigen Eckturm. Viele Stilelemente, insbesondere der Sichtbackstein aber auch die Fassadengestalten, sind dem englischen Neobarock und der Neorenaissance zuzuordnen und typisch für die Architektur von Ernst Jung ab den 1890er-Jahren. Der Eckturm hingegen ist eine Besonderheit, die möglicherweise an die schweizerische Bautradition des 16. Jahrhunderts anknüpft oder sich an amerikanischen Einflüssen orientiert. Einzigartig ist auch die aufwendig gestaltete Dachanlage.
Die Villa ist heute ein wichtiger architekturhistorischer Zeitzeuge für die repräsentativen Wohnformen des späten 19. Jahrhunderts. Neben der Architektur ist zudem auch ein grosser Teil des Mobiliars erhalten geblieben.
